Las líneas de investigación del programa se basan en las líneas prioritarias estatales y nacionales, así como en las de interés y factibilidad del programa. Los proyectos de investigación se definen en base a las líneas de investigación preestablecidas, lo que facilita la realización de los proyectos de tesis de los estudiantes, ya que se cuenta con la infraestructura y el financiamiento de los profesores, así como de sus colaboradores.
La finalidad de esta línea es estudiar los problemas relacionados con el ambiente, la calidad e inocuidad alimentaria y los riesgos a la salud, así como la restauración de ambientes contaminados.
En esta LGAC se pretende hacer la evaluación y producción de alimentos funcionales, bioinsecticidas y bioenergéticos; además de estudiar las nanoparticulas e identificar compuestos bioactivos, biomoléculas y sus aplicaciones.